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Geometric, Feature-based and Graph-based Approaches for the Structural Analysis of Protein Binding Sites : Novel Methods and Computational Analysis
In this thesis, protein binding sites are considered. To enable the extraction of information from the space of protein binding sites, these binding sites must be mapped onto a mathematical space. This can be done by mapping binding sites onto vectors, graphs or point clouds. To finally enable a str...
| 1. Verfasser: | |
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| Beteiligte: | |
| Format: | Dissertation |
| Sprache: | Englisch |
| Veröffentlicht: |
Philipps-Universität Marburg
2013
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| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | PDF-Volltext |
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Die Dissertation befasst sich mit dem Raum der Proteinbindetaschen. Um aus diesem Raum Information mit Hilfe von Data Mining Methoden zu extrahieren, werden zwei Dinge benötigt: Bindetaschen müssen zum einen abstrahiert und und auf einen mathematischen Raum abgebildet werden; zum anderen muss auf dem mathematischen Raum eine Struktur erzeugt werden, beispielsweise durch die Definition einer Distanz. Bindetaschen können dabei auf unterschiedliche Weise repräsentiert werden; als Vektoren, Graphen oder Punktwolken. Durch Definition eines Ähnlichkeitsmaßes wird schließlich eine Struktur auf dem Raum der Vektoren, Graphen oder Punktwolken erzeugt, die schließlich von Data Mining Methoden ausgenutzt werden kann, um Informationen zu extrahieren.