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Zusammenfassung:
NGS als Grundlage für die personalisierte Krebstherapie Die Untersuchung des NGS bietet eine umfangreiche Methode der Identifizierung von therapeutisch angreifbaren Zielstrukturen in der Krebstherapie. Derzeit wird Frischgewe-be als Ausgangsmaterial verwendet, dessen Gewinnung allerdings meist mit einer Invasi-vität für den Patienten verbunden ist. Daher stellt sich die Frage ob die NGS Untersu-chung bei optimaler Präanalytik auch mit einem anderen Ausgangsgewebe, umsetzbar wäre, bspw. im Rahmen der Routinediagnostik bereits generiertes FFPE Gewebe. Wel-ches Material zeigt die qualitativ hochwertigsten Ergebnisse? Weiterhin wurden die Er-gebnisse einer lokalen Panelsequenzierung und der sehr viel aufwendigeren und teureren Whole Exome Sequenzierung verglichen. Für die Etablierung einer optimalen Präanalytik wurden drei Gewebeformen unter qualitativen, finanziellen und praktischen Gesichts-punkten verglichen (Frischgewebe, FFPE und Kryo). Die Lagerung erfolgte bei Frisch-gewebe mithilfe einer Stabilisierungslösung (RNAlater Stabilization Solution) und bei der Kryokonservierung durch Schockgefrierung in flüssigem Stickstoff. Die FFPE Proben wurden bereits etabliert im klinischen Alltag hergestellt. Nach der jeweiligen Nukleinsäu-renisolation wurden diese mittels Spektrometrie, Tapegelelektrophorese und einem se-quenzierungsinternen QC Assay der Firma Archer in ihrer Qualität und Quantität beurteilt. Außerdem erfolgte ein exemplarischer Vergleich der Sequenzierungsergebnisse von vier Patienten, welche eine Panelsequenzierung (63 Gene) am Universitätsklinikum Marburg aus FFPE Proben und eine WES aus Frischgewebe am Universitätsklinikum Heidelberg erhalten haben. Es zeigte sich, dass prinzipiell alle drei Methoden der Gewebekonservie-rung für die Untersuchung des NGS genutzt werden können. Die vergleichsweise ge-ringsten Mengen und die geringsten Qualitätscores lagen bei den FFPE Proben vor. Die höchste Quantität und Qualität in Kombination mit geringen Kosten und einer guten Um-setzbarkeit zeigte das in RNAlater konservierte Frischgewebe. Der Vergleich der Ergeb-nisse der 4 exemplarisch untersuchten Patienten mit Panel + WES ergab neu entdeckte Mutationen in beiden Sequenzierungsansätzen, jedoch zeigte keiner der vier Patienten einen therapeutischen Erfolg. Generell bietet der Ansatz der personalisierten Onkologie die Grundlage für aktuelle, kontroverse Diskussionen über Vor- und Nachteile (MOSCA-TO-Studie vs. DRUP-Trials). Um diese uneinheitlichen Befunde in eine klinisch orien-tierte Schätzung zu integrieren, wäre es ein nachvollziehbarer Ansatz, sich auf die Genpa-nel-Diagnostik zu konzentrieren, durch welche die meisten therapierelevanten Mutationen gefunden werden können. Die Optimierung und kontinuierliche Aktualisierung der Panel-Sequenzierung mit aktuellen medikamentös behandelbaren Zielmolekülen und neuen wirksamen Therapien, sollte im Fokus stehen. Dies könnte an meist vorhandenen FFPE-Proben ohne weitere Invasivität für den Patienten durchgeführt werden. Weiterhin könnte bei Therapieversagen eine detailliertere Sequenzierung individuell erwogen werden. So kann eine gezielte Panelanalyse der zeit- und kostenintensiveren Gesamtgenomsequenzie-rung gleichwertig sein.

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